לוויכוח הוותיק בין חסידי הנקה טבעית לסניגורים של הזנה בבקבוקים, הצטרפו בשנים האחרונות נתוני מחקרים לפיהם תינוקות נולדים כמעט ללא חיידקים פרוביוטיים במערכת העיכול, והמפגש הראשון שלהם עם "החיידקים הטובים" מתרחש בשעת הלידה. בהמשך חייהם הם "מתמלאים" ביותר מ-400 סוגי חיידקים פרוביוטיים במעיים, שתפקידם לדאוג למערכת עיכול תקינה ולהגן על מערכת החיסון מפני מגוון מחלות חום, דרכי מעי ודרכי נשימה עליונות.
הצמיחה המהירה של אוכלוסיית הפרוביוטיקה, מתרחשת כאשר אל גוף התינוק זורם חלב אם, שהתגלה במחקרים כעשיר בחיידקים הטובים האלה בהרבה מאשר תחליפי החלב למיניהם. לפי מחקרים מהשנים האחרונות כבר לאחר שבוע מיום הלידה, אצל יונקי חלב אם מתפתחת אוכלוסיית חיידקי מעי שונה ועשירה יותר מאשר אצל תינוקות הניזונים בתחליפים. ולכן, ילודים שאינם יונקים, חשוב ביותר שיקבלו תחליפי חלב אם שהועשרו בפרוביטיקה בעת הייצור.
גם סוג הלידה משפיע על הרכב החיידקים של התינוק: לתינוקות הנולדים בניתוח קיסרי יש פחות חיידקים פרוביוטיים מאלה הנולדים בלידה רגילה. גם לתינוקות כאלה, ובמיוחד להם[ אם הם אינם יונקים, מומלץ לתת תחליף חלב המכיל פרוביוטיקה. הוא הדין בתינוקות הנמצאים במסגרות יומיות במחיצת תינוקות וילדים נוספים, ונחשפים למחלות.
אחד המחקרים המעניינים שנערכו בנושא בעשור האחרון התבצע בישראל, בקרב תינוקות בריאים במעונות יום שקיבלו באופן שוטף תחליפי חלב עם העשרה של פרוביוטיקה. התגלה שהם חלו משמעותית פחות במחלות חום ושלשולים בהשוואה לאלו שניזונו מתחליף חלב ללא פרוביוטיקה.
כאמור, מדובר במאות זנים של חיידקים, כאשר בין החשובים שבהם ליעד של בריאות התינוק נכללות פרוביוטיקה מסוג B.Lactis ופרה-ביוטיקה מסוג GOS. LC PUFA
עוד רכיבים שצריך לבדוק האם הם קיימים בתחליף החלב הניתן לתינוק הם חומצות שומן ממשפחת אומגה 3 ו-6 הנחשבות כמסייעות להתפתחות קוגניטיבית ולחדות הראיה, ושמן בטאפלמיטט שהוא הרכב המכיל שמן דקל כמקור לחומצה המהווה כרבע מהשומן בחלב אם.